Wie so oft lässt sich jedoch nicht zweifelsfrei klären, wann und wie die Semmel zu ihrem herrschaftlichen Namen kam. Geschah das bereits im Jahre 1487 als Kaiser Friedrich III. Semmeln mit seinem Porträt backen ließ? Oder war der Namensgeber schlicht ein Bäcker mit dem Namen Kayser? Meist wird davon ausgegangen, dass es zur Namensgebung kam als 1789 die Wiener Bäckerinnung eine Abordnung zu Kaiser Joseph II. sandte, um eine freie Preisgestaltung für die Semmeln zu erbitten. Wichtigstes Argument hierfür sollten die Semmeln selbst sein. Tatsächlich war der Kaiser von der Handwerkskunst der Bäcker so angetan, dass er ihrer Bitte nachkam und die Semmeln fortan Kaisersemmel genannt wurden.
Der erste bildliche Nachweis für die Existenz der Kaisersemmel findet sich allerdings schon etwas früher auf einem Gemälde des Hofmalers Martin van Meyten aus der Zeit zwischen 1760 und 1770. Zu sehen ist die Hoftafel in der Wiener Hofburg und darauf Kaisersemmeln.
Dass diese Semmel weltberühmt und schließlich auf der Weltausstellung prämiert wurde, hatte sie allerdings auch dem Wiener Brauer und Unternehmer Ignaz Mautner (1801-1889) zu verdanken. Mautner stellte seit 1843 nach einem neuen Verfahren Bier mit untergärigen Hefen her, das bei den Kunden gut ankam. Doch nun fehlte den Bäckern für ihr Feingebäck die Hefe, die bisher beim obergärigen Bier abgeschöpft worden war.
Die Wiener Bäckerinnung schrieb deshalb 1847 einen Wettbewerb zur Lösung des Problems aus. Und wiederum gelang es Mautner gemeinsam mit dem Chemiker Reininghaus eine Bäckerhefe zu entwickeln, die von ganz neuer Reinheit und Kraft war. Der Brauer gewann den Preis und die Bäcker eine Hefe, die es ihnen erlaubte Gebäcke mit konstant hoher Qualität herzustellen.
Auf der Pariser Weltausstellung 1867 erlangte die Kaisersemmel internationale Bekanntheit und fand eine ähnlich weite Verbreitung wie der besagte Stuhl, der ebenfalls eine Goldmedaille erzielte. Handelte es sich doch um den Stuhl Nr. 14 der Gebrüder Thonet . Dieser einfache, aus wenigen in Dampf gebogenen Holzstäben hergestellte Stuhl gilt als meist produziertes Sitzmöbel der Welt und gehört ebenso in ein traditionelles Wiener Kaffeehaus wie die Kaisersemmel.